La maladie de Chagas évolue en deux phases : une phase aiguë, peu après l'infection, et une phase chronique, qui se développe sur plusieurs années. Il est particulièrement difficile de détecter la maladie de Chagas à ces deux stades.
La première phase, aiguë, dure environ deux mois à compter de l’infection. Seuls des symptômes bénins, communs à de nombreuses autres maladies, apparaissent. Ceux-ci peuvent aller de courbatures et de fatigue à de la fièvre et des vomissements. Pendant cette période, bien que le sang puisse contenir de nombreux parasites, la personne infectée est le plus souvent asymptomatique ou ne présente que des signes légers et non spécifiques.
Plus rarement, une personne piquée par un triatome peut présenter des signes caractéristiques précoces de la maladie, comme une lésion cutanée ou un œdème violacé au niveau d’une paupière.
Après la phase aiguë, la maladie de Chagas entre en rémission et aucun autre symptôme ne peut paraître pendant de nombreuses années.
Environ 20 à 30 % des personnes infectées développent la forme chronique de la maladie, qui entraîne des troubles cardiaques et/ou digestifs potentiellement mortels, causant des lésions irréversibles au cœur, à l'œsophage et au côlon. Les symptômes à ce stade peuvent inclure de la constipation, des problèmes digestifs, des douleurs abdominales et des difficultés à avaler.