Les équipes de l'association sont réunies autour d'une même charte, dont les principes fondamentaux sont l'impartialité, la neutralité et l'indépendance :
« Les Médecins Sans Frontières apportent leurs secours aux populations en détresse, aux victimes de catastrophes d'origine naturelle ou humaine, de situation de belligérance, sans aucune discrimination d'origine, de religion, de philosophie ou de politique.
Œuvrant dans la neutralité et en toute impartialité, les MSF revendiquent, au nom de l’éthique médicale universelle et du droit à l’assistance humanitaire, la liberté pleine et entière de l'exercice de leur fonction.
Iels s’engagent à respecter les principes déontologiques de leur profession et à maintenir une totale indépendance à l'égard du pouvoir, ainsi que de toute force politique, économique ou religieuse.
Volontaires, iels mesurent les risques et les périls des missions qu’iels accomplissent et ne réclameront, pour eux ou leurs ayants droit, aucune compensation autre que celles que l’association sera en mesure de leur fournir. »