De organisatie die bekendstaat onder de naam Artsen Zonder Grenzen, bestaat eigenlijk uit 23 onafhankelijke nationale afdelingen, die verenigd zijn rond hetzelfde handvest. Elke afdeling is onafhankelijk en heeft een eigen juridisch statuut, en ook een eigen organisatorische en financiële structuur.
- Vijf afdelingen worden operationele centra genoemd, omdat ze instaan voor de uitvoering van projecten op het terrein. Zij bevinden zich in Brussel, Parijs, Amsterdam, Genève en Barcelona. De overige achttien afdelingen leggen zich vooral toe op fondsenwerving, het rekruteren van medewerkers, sensibilisatie en contacten met de media en het nationale publiek.
- Het hoofdkantoor van de Belgische afdeling van Artsen Zonder Grenzen is gevestigd in Brussel. Dit operationele centrum bestaat uit een algemene directie (die ook een analyse- en lobby-eenheid overkoepelt), en de afdelingen Operaties, Communicatie, Financiën, Personeelszaken en Logistiek.
- Voor haar contacten met internationale instellingen en organisaties zoals de Europese Unie en de Verenigde Naties, wordt Artsen Zonder Grenzen vertegenwoordigd door haar Internationaal Bureau in Genève.
- Met haar Campagne voor Toegang tot Basisgeneesmiddelen wil Artsen Zonder Grenzen ervoor zorgen dat bepaalde behandelingen goedkoper worden en dat het onderzoek naar en de ontwikkeling van geneesmiddelen voor de behandeling van verwaarloosde ziekten opnieuw op gang gebracht worden.
- MSF Supply is het logistieke centrum van het hoofdkwartier in Brussel. MSF Supply zorgt voor de aankoop, het vervoer en de levering van materiaal voor Artsen Zonder Grenzen. Daarnaast is ook het opleidingscentrum Espace Bruno Corbé, waar nieuwe medewerkers van Artsen Zonder Grenzen voorbereid worden op het werk op het terrein, aan MSF Supply verbonden.
