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En 1988, Médecins Sans Frontières a installé son premier poste au Pakistan pour soutenir les activités médicales organisées dans ce pays. En 1998, l'organisation a commencé par soigner les réfugiés afghans qui arrivaient au Pakistan. Depuis, les équipes de Médecins Sans Frontières sont toujours présentes au Pakistan et aident tant les réfugiés afghans que les Pakistanais touchés des conflits armés et des catastrophes naturelles et n'ayant pratiquement pas accès aux soins de santé.
Ces vingt dernières années, l'escalade de la violence entre l'armée pakistanaise et l'opposition armée a considérablement dégradé les conditions de vie des habitants. Dans certaines régions, la situation a encore été aggravée par des violences religieuses. Depuis le mois d'août 2008, plus de deux millions de personnes ont fui les violences dans la province frontalière du Nord-Ouest (NWFP) et les régions tribales sous administration fédérale (FATA).
Au Pakistan, les puissances occidentales sont impliquées dans le conflit armé. Comme ces dernières incluent l'aide humanitaire dans leurs stratégies, il existe un lien fort étroit entre l’aide humanitaire et les agendas politiques au Pakistan. Médecins Sans Frontières refuse clairement de participer à ce système. En effet, Médecins Sans Frontières est une organisation médicale privée qui travaille de manière tout à fait indépendante et rejette toute considération d’ordre politique, religieux ou économique. Dans le cadre de son travail au Pakistan, Médecins Sans Frontières n'accepte aucun financement d'aucun gouvernement et recourt exclusivement aux dons privés provenant du grand public.
Au total, 750 collaborateurs internationaux et pakistanais de Médecins Sans Frontières sont actifs dans plus de dix centres dans la province de NWFP, les FATA et dans la province de Baloutchistan et elles proposent leur aide lors des catastrophes naturelles.
Depuis août 2008, il y a eu plusieurs vagues de réfugiés qui ont fui les violences vers le district de Lower Dir. En mai 2009, un million de personnes fuyant, elles aussi, les violences sont arrivées dans le district de Mardan. Les équipes de Médecins Sans Frontières ont alors soutenu les hôpitaux locaux et fourni une aide médicale, des tentes et du matériel de première nécessité pour les familles de réfugiés.
En novembre 2009, une nouvelle vague de réfugiés est arrivée dans le Lower Dir. Médecins Sans Frontières a apporté son aide aux familles réfugiées dans les camps de Munda et Sumer Bagh où elle a distribué des tentes et d'autres biens de première nécessité. Actuellement, la population de Munda se compose à 40% de réfugiés. Médecins Sans Frontières offre des soins de santé gratuits, aussi bien aux réfugiés qu'à la population locale.
Dans le Lower Dir, Médecins Sans Frontières soutient également l'hôpital de Timurgara. Chaque semaine, 1.100 patients sont pris en charge dans le service des urgences, aussi bien par les équipes de Médecins Sans Frontières que par celles du ministère de la Santé. Médecins Sans Frontières s'occupe également de mettre sur pied un quartier opératoire, une unité postopératoire et un système de stérilisation et de gestion des déchets.
A Malakand, Médecins Sans Frontières travaille en collaboration avec le ministère de la Santé dans le service des urgences de l'hôpital de Dargai. Chaque mois, 2.300 patients en moyenne y sont pris en charge.
Dans les districts de Peshawar et de Charsadda, depuis février 2009, Médecins Sans Frontières soutient les nombreux réfugiés accueillis dans des familles. Médecins Sans Frontières distribue des kits d'hygiène, des couvertures et des tentes d'hiver et a également mis en place quatre unités qui dispensent des soins de santé de base.
Médecins Sans Frontières travaille aussi dans le service des urgences de l'hôpital Lady Reading à Peshawar, dont la capacité chirurgicale a été augmentée.
Dans le district de Mansehra, Médecins Sans Frontières a mis sur pied un projet qui propose des soins de santé gratuits et lutte contre l'épidémie de lèpre des montagnes (leishmaniose cutanée). Les patients qui souffrent de la lèpre des montagnes sont pris en charge dans la ville de Darband, où Médecins Sans Frontières soutient l'hôpital. Entre février et novembre 2009, cent cas de lèpre des montagnes y ont été traités.
En fonction des conditions de sécurité, les équipes proposent également une aide médicale mobile par le biais de postes auxiliaires dans la vallée de Kala Dhaka, où elles organisent en moyenne 100 consultations par jour.
Médecins Sans Frontières est actif à Kurram depuis 2004. En 2007 et en 2008, les tensions religieuses ont conduit à des explosions de violence, entraînant ainsi l'isolement de certaines communautés, la fermeture des voies d'approvisionnement et l'effondrement presque total du système des soins de santé. Médecins Sans Frontières soutient les hôpitaux de Sadda et Alizai, où sont dispensés des soins anténataux et médicaux surtout aux enfants.
Médecins Sans Frontières propose également son aide pour la prise en charge des victimes de violences, d'inondations, de malnutrition et du choléra.
En octobre 2009, la violence entre l'armée pakistanaise et l'opposition armée a littéralement explosé à Kurram. Des dizaines de milliers de personnes ont fui vers la ville de Sadda. Les équipes de Médecins Sans Frontières ont soutenu le service des urgences de l'hôpital local et distribué des couvertures, des kits d'hygiène et des ustensiles de cuisine.
Le Baloutchistan est la plus grande province du Pakistan mais aussi la moins développée. Dans le district de Quetta, Médecins Sans Frontières dispenses des soins de santé gratuits dans un centre médicosocial et un centre de soins mère-enfant à Kuchlak, un camp de réfugiés afghan. Chaque mois, les équipes de Médecins Sans Frontières assurent environ 10.000 consultations.
Les soins mère-enfant font partie d'un programme destiné à faire chuter les taux de mortalité infantile et maternelle qui sont dramatiquement élevés dans cette région. En outre, Médecins Sans Frontières développe également, dans la province du Baloutchistan, des projets axés sur la malnutrition malnutrition infantile, sur les soins de santé mentale et sur la lèpre des montagnes.
Dans l'Est de la province du Baloutchistan, des équipes de Médecins Sans Frontières ont constaté en 2008 un état de malnutrition alarmant dans les districts de Jafarabad et Nasirabad. Suite à cette constatation, Médecins Sans Frontières a mis en place des programmes alimentaires dans les villes de Dera Murad Jamali et Usta Muhammad. En 2009, plus de 4.000 enfants ont été admis dans des programmes nutritionnels thérapeutiques.
Médecins Sans Frontières intervient également au Pakistan en cas de catastrophes naturelles. Les équipes de Médecins sans Frontières étaient également présentes en 2009 lors des inondations touchant la province de NWFP, en 2008 lors du tremblement de terre de Ziarat et en 2007 lors de plusieurs catastrophes naturelles frappant la province du Baloutchistan, parmi lesquelles figurent des inondations provoquées par le passage d'un cyclone. En 2005, Médecins Sans Frontières a également proposé son aide après le dramatique séisme au Cachemire.