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MSF est connue aux quatre coins du monde sous le nom de Médecins Sans Frontières (MSF). Il s’agit d’un réseau de dix-neuf sections nationales intégrées. Ces dix-neuf sections souscrivent à la Charte qui décrit les principes de départ de l’action de MSF. Les sections collaborent de manière intensive dans les domaines de la communication, de la formation, de la logistique, de la collecte de fonds et du recrutement des ressources humaines. Les projets humanitaires reposent, eux aussi, sur une collaboration étroite. Face aux institutions et aux organismes internationaux, comme l’Union européenne ou les Nations Unies, MSF se présente comme un seul et unique mouvement.
Cinq sections assurent elles-mêmes la mise en œuvre de projets humanitaires, d’où leur nom de « centre opérationnel ». Il s’agit de la Belgique, des Pays-Bas, de la France, de l’Espagne et de la Suisse. Les quatorze autres bureaux – les « sections partenaires » – se concentrent principalement sur la récolte de fonds, le recrutement, l’information et les contacts avec les médias et la presse à l’échelon national. Il s’agit de l’Allemagne, de l’Australie, de l'Autriche, du Canada, du Danemark, des États-Unis, de la Grèce, de Hong Kong, de l’Italie, du Japon, du Luxembourg, de la Norvège, du Royaume-Uni et de la Suède. Le siège du « Bureau international » est basé à Genève. Il assure la coordination de la coopération et représente MSF. Il possède une antenne à New York et une autre à Bruxelles.
Chaque section est indépendante et possède son propre statut juridique et sa propre structure organisationnelle et de financement, régis par la législation nationale. Les quatorze sections partenaires ont, chacune, un lien particulier avec l’un des cinq centres opérationnels. Les sections non-opérationnelles du Danemark, de Hong Kong, d'Italie, du Luxembourg, de Norvège et de Suède sont ainsi rattachées au centre opérationnel de Bruxelles.
Un Conseil international examine régulièrement les orientations stratégiques de l’action de MSF et les questions d'actualité qui concernent la coopération internationale. Il réunit les présidents de toutes les sections de MSF.
Le siège de la section belge de MSF est établi à Bruxelles. Ce centre opérationnel se compose d’une direction générale (dont dépend également un centre de recherche et de lobbying), d'un département des opérations, de cinq départements d’appui et d’un auditeur interne.
Le directeur général est responsable des contacts externes et définit la politique générale des projets de MSF. De par sa position d’acteur humanitaire, MSF est régulièrement appelée à prendre position sur des thèmes humanitaires. Le centre de recherche de MSF suit attentivement la réalité opérationnelle et humanitaire, catalyse les efforts de réflexion de l’organisation et fait connaître notre expérience et nos positions auprès d’autres organisations et des autorités.
Le département des opérations se compose de différentes équipes, chacune en charge du suivi d’une région spécifique du monde. Il est responsable de la conception, de la mise en oeuvre et de l'évaluation de toutes les missions. Outre les projets d'urgence, il coordonne également les actions à plus long terme. Ce département gère également les fonds institutionnels.
Les cinq départements d’appui
MSF Supply est une société coopérative créée en 1989. Centrale d’approvisionnement de MSF, elle a pour mission d’acheter et de fournir dans des délais très courts du matériel et des médicaments en grandes quantités. L’entreprise assure la livraison du matériel et des médicaments sur le terrain. MSF Supply se charge également du conditionnement, du dédouanement des marchandises et de la préparation des kits d’urgence. Elle met également en œuvre un système d’assurance-qualité pour le matériel humanitaire et les médicaments.
Enfin, MSF s'est également dotée d'un auditeur interne, chargé d'examiner, en toute indépendance, les systèmes de contrôle interne et d'évaluer l’efficacité et l'exactitude des informations.