Connue sous le nom de Médecins Sans Frontières (MSF), l’organisation est composée de 23 sections nationales indépendantes réunies autour d’une seule et même charte. Elles collaborent de manière intensive dans les domaines de la communication, de la formation, de la logistique, de la collecte de fonds et du recrutement. Chaque section est indépendante et a son propre statut juridique, ainsi que sa propre structure organisationnelle et de financement.
- Cinq sections sont appelées « centres opérationnels » parce qu’elles assurent la mise en œuvre des projets sur le terrain. Ils se trouvent à Bruxelles, Paris, Amsterdam, Genève et Barcelone.
- Les dix-huit autres sections se concentrent essentiellement sur la récolte de fonds, le recrutement, la sensibilisation et les contacts avec les médias et le public à l’échelon national.
- Le siège de la section belge de MSF est établi à Bruxelles. Ce centre opérationnel se compose d’une direction générale (dont dépend également un centre d’analyse et de lobbying), d'un département des opérations, financier, ressources humaines, logistique et communication.
- Dans les contacts avec les institutions et organisations internationales telles que l’Union européenne et les Nations Unies, MSF est représentée par le bureau international situé à Genève.
- MSF Supply est le centre logistique du siège de Bruxelles. MSF Supply prend en charge l'achat, le transport et la livraison du matériel pour Médecins Sans Frontières. MSF Supply comprend également l'Espace Bruno Corbé où les nouveaux collaborateurs de Médecins Sans Frontières sont formés au travail sur le terrain.
